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17.08.2012 1. runde Segunda División Villarreal 2 - 1 Real Madrid Castilla    
25.08.2012 2. runde Segunda División Sabadell 0 - 0 Villarreal    
01.09.2012 3. runde Segunda División Villarreal 2 - 1 Guadalajara    
08.09.2012 4. runde Segunda División Ponferradina 0 - 1 Villarreal    
16.09.2012 5. runde Segunda División Villarreal 1 - 0 Hércules    
22.09.2012 6. runde Segunda División Las Palmas 2 - 2 Villarreal    
29.09.2012 7. runde Segunda División Villarreal 2 - 0 Córdoba    
07.10.2012 8. runde Segunda División Sporting Gijón 2 - 0 Villarreal    
13.10.2012 9. runde Segunda División Villarreal 1 - 1 Huesca    
21.10.2012 10. runde Segunda División Recreativo 2 - 0 Villarreal    
27.10.2012 11. runde Segunda División Villarreal 2 - 0 Mirandés    
03.11.2012 12. runde Segunda División Numancia 1 - 1 Villarreal    
11.11.2012 13. runde Segunda División Villarreal 1 - 1 Murcia    
17.11.2012 14. runde Segunda División Racing Santander 0 - 3 Villarreal    
24.11.2012 15. runde Segunda División Villarreal 1 - 1 Lugo    
02.12.2012 16. runde Segunda División Elche 1 - 0 Villarreal    
09.12.2012 17. runde Segunda División Villarreal 4 - 0 Alcorcón    
15.12.2012 18. runde Segunda División Girona 2 - 0 Villarreal    
20.12.2012 19. runde Segunda División Xerez 0 - 0 Villarreal    
05.01.2013 20. runde Segunda División Villarreal 1 - 3 Barcelona B    
12.01.2013 21. runde Segunda División Almería 1 - 1 Villarreal    
19.01.2013 22. runde Segunda División Real Madrid Castilla 5 - 0 Villarreal    
25.01.2013 23. runde Segunda División Villarreal 3 - 0 Sabadell    
02.02.2013 24. runde Segunda División Guadalajara 0 - 0 Villarreal    
09.02.2013 25. runde Segunda División Villarreal 3 - 0 Ponferradina    
17.02.2013 26. runde Segunda División Hércules 1 - 1 Villarreal    
24.02.2013 27. runde Segunda División Villarreal 1 - 1 Las Palmas    
03.03.2013 28. runde Segunda División Córdoba 0 - 2 Villarreal    
10.03.2013 29. runde Segunda División Villarreal 2 - 1 Sporting Gijón    
16.03.2013 30. runde Segunda División Huesca 0 - 1 Villarreal    
24.03.2013 31. runde Segunda División Villarreal 1 - 1 Recreativo    
31.03.2013 32. runde Segunda División Mirandés 1 - 5 Villarreal    
07.04.2013 33. runde Segunda División Villarreal 6 - 1 Numancia    
14.04.2013 34. runde Segunda División Murcia 1 - 1 Villarreal    
21.04.2013 35. runde Segunda División Villarreal 1 - 0 Racing Santander    
27.04.2013 36. runde Segunda División Lugo 0 - 0 Villarreal    
05.05.2013 37. runde Segunda División Villarreal 2 - 3 Elche    
12.05.2013 38. runde Segunda División Alcorcón 1 - 3 Villarreal    
18.05.2013 39. runde Segunda División Villarreal 4 - 1 Girona    
27.05.2013 40. runde Segunda División Villarreal 3 - 2 Xerez    
02.06.2013 41. runde Segunda División Barcelona B 0 - 3 Villarreal    
08.06.2013 42. runde Segunda División Villarreal 1 - 0 Almería    
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